W latach 1993-2008 ks. Treanor pełnił funkcję sekretarza generalnego Komisji Episkopatów Wspólnoty Europejskiej (COMECE) w Brukseli. Utrzymywał bardzo dobre stosunki z Kościołem w Polsce, był m.in. organizatorem wizyty studyjnej polskich biskupów w Brukseli w Komisji Europejskiej w 1997 r. Wziął w niej udział kard. Józef Glemp wraz z prezydium KEP oraz 10 innych biskupów diecezjalnych.

Jako nuncjusz apostolski abp Treanor reprezentował Stolicę Apostolską wobec instytucji UE, w tym w obszarach polityki integracyjnej, migracji, współpracy na rzecz rozwoju i ochrony praw podstawowych.